« Quoi qu’il en soit » est une expression difficile à maitriser graphiquement, car son sens est complexe. Par facilité, on tend à souder « quoique », qui se confond alors visuellement avec la locution concessive « quoique », confusion vivante jusqu’au XVIIIe siècle, car « quoique » est issu de la soudure de « quoi » et « que ». On distingue : « quoi que tu fasses » et « quoique tu fasses ton possible » (« Bon usage, § 1149 c 2°).
« Quoi que » est l’association de l’interrogatif « quoi » et du relatif « que », qui ne sont plus sentis comme tels. Ce groupe a une fonction dans la subordonnée, le plus souvent objet direct (Quoi que pût dire ou faire son mari, Stendhal) ou attribut du sujet : « Quoi qu’il en soit » est devenu « une sorte de locution adverbiale figée quant au sens (« peu importe ») » (« Bon usage »).
Pour faire la distinction (« Grammaire de référence », p. 446), la locution « quoique » peut être remplacée en bloc par « bien que » :
« Il suait à grosses gouttes quoique ce fût au mois de janvier » (J.-L. Guez de Balzac). Exemple de saison !
« Quoi que » peut être paraphrasé par « quelle que soit la chose que » :
« Quoi qu’il décidât, il céderait à une humeur et non à une évidence » (S. de Beauvoir).