Les prépositions « à » et « en » ont des emplois bien répartis pour introduire un complément de lieu. La première indique une localisation ou une direction, la seconde « une position à l’intérieur de limites » (Robert). « En » introduit, entre autres, des noms de pays féminins ou commençant par une voyelle, ou de grandes îles (en Chine, en Corse), par opposition à « au » devant des noms de pays masculins ou commençant par une consonne (au Canada).
Pour construire les noms de villes, l’usage hésite : « Une petite brise qu’on aurait crue née en Avignon ou à Nice » (J. Mistler). Même si « à », évoquant une localisation pure et simple domine, on rencontre « en » devant le nom de certaines villes : Arras, Alger, Amiens et surtout Arles et Avignon (exemples du « Bon usage », § 1051). On a expliqué le dernier emploi par le fait qu’Avignon désignait à une époque l’Etat papal, et non une simple ville, et aussi par l’influence du provençal. Et l’on constate que le nom des villes concernées commence par la voyelle A, qui ferait hiatus avec la préposition « à ». En outre, jusqu’au 17e s., « en » était généralement employé devant les noms de villes (« en Damas », Vaugelas).
Et puis, devant les noms de pays comme dans d’autres cas, certains emploient « en » par coquetterie, car « en » semble plus élégant que le simple « à » : il a soutenu sa thèse en Sorbonne, le concert aura lieu en la cathédrale Notre-Dame, … Une manière de se mettre en valeur ou de céder à la mode.